A pénisz fájdalmát számos állapot okozhatja. Az egyik leggyakoribb ok a Peyronie-kór, amely a pénisz görbületével jár, és fájdalmat, merevedési zavarokat, vagy szexuális diszkomfortot okozhat. A pénisztörés akkor fordul elő, amikor trauma éri az erektált péniszt, és jellemzője a pattogó hang, súlyos fájdalom, duzzanat és a pénisz bőrének elszíneződése. Bőrbetegségek, mint például lichen sclerosus, a pénisz bőrén fehéres foltokat, vizelési nehézségeket és anatómiai elváltozásokat okozhatnak. Körülmetéletlen férfiaknál a phimosis, vagyis fitymaszűkület, fájdalmas közösülést, szexuális zavarokat és húgyúti gyulladást okozhat. Mindezek az állapotok orvosi vizsgálatot igényelnek a megfelelő diagnózis és kezelés érdekében.